一般感染上致病菌后，先是有一至三天的潜伏期，且双眼多为同时或间隔一两天发病，病程持续时长为一至两周，与个人的体质有关。病情多在发病后的第三、四天较为严重，之后会慢慢有所好转。

患者照镜子或是旁人可见有明显的眼睛发红，患者自觉有辣辣的烧灼感。有的人无法在亮光下视物，畏光，或者经常会不自觉地流眼泪。

患有红眼病的人往往会比正常人产生多数倍甚至数十倍的分泌物，且多为粘性或脓性分泌物。早晨起床时由于分泌物将上下眼睑黏在一起，患者会感到睁开眼睛十分困难，必须用洁净的水或眼药水沾着棉签将分泌物擦去后才能睁眼。

尽管看上去结膜发红，但患者的视力并不会因此而下降。若是角膜表面被分泌物附着时，则可能会出现视力模糊，只需将分泌物用眼药水冲洗干净后视力就会恢复。

对于自身抵抗力较差的患者来说，除了眼部的明显症状之外，还有可能会出现身体发热等细菌感染症状。